Der FMD ist eine Initiative innerhalb der Evangelischen Kirche, vernetzt mit Gemeinden, Personen, Gremien und anderen Initiativen. Es gibt viele Partner, mit denen der FMD in verschiedenen Arbeitsfeldern verbunden ist.
Die Landeskirche hat über das Haus kirchlicher Dienste zwei Mitarbeitende in das Missionarische Zentrum entsandt. So wird das "Tagungshaus mit Herz" gemeinsam betrieben.
Besonders intensiv ist die Partnerschaft mit
- der Ev. luth. Landeskirche Hannovers
- dem Haus kirchlicher Dienste, Hannover (HkD)
- den Missionarischen Diensten und Kirche im Tourismus im HkD
- dem Landesjugendpfarramt (HkD)
- der Good Shepherd Evang. luth. Church (GSELC) in Südindien
- der Shalom-Foundation und dem Yelligiri-Zentrum in Südindien
- dem netzwerk-m als Träger des FSJ und BFD