Der FMD ist eine Initiative innerhalb der Evangelischen Kirche, vernetzt mit Gemeinden, Personen, Gremien und anderen Initiativen. Es gibt viele Partner, mit denen der FMD in verschiedenen Arbeitsfeldern verbunden ist.
Die Landeskirche hat über die Service Agentur (früher Haus kirchlicher Dienste) einen Mitarbeitenden in das Missionarische Zentrum entsandt. So wird das "Tagungshaus mit Herz" gemeinsam betrieben.
Besonders intensiv ist die Partnerschaft mit
- der Ev. luth. Landeskirche Hannovers
- den Missionarischen Diensten und der Service Agentur der Landeskirche Hannovers (früher HkD)
- dem Landesjugendpfarramt (Service Agentur)
- der Good Shepherd Evang. luth. Church (GSELC) in Südindien
- der Shalom-Foundation und dem Yelligiri-Zentrum in Südindien
- dem netzwerk-m als Träger des FSJ und BFD